月からの襲来者 『アイザック』 の襲撃による人類滅亡から100年。
人の“心”を与えられた次世代アンドロイド『ヒューマリアン』――『アリア』は『第4保護地区』で生活をしていた。
自称清掃担当の彼女は、“無役(むえき)のアリア”と周囲から蔑まれていたが、当の本人は気にする様子もなく、穏やかな日々を送っている。
しかし、突如として第4保護地区をアイザックが襲撃。街は一夜にして火の海と化した。
アリアは対アイザック用に開発されたAI機械獣『レグヨン』に乗り、アイザックと戦う運命に巻き込まれることになる。

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